「APPLESEED」（2004）、「エクスマキナ」（07）と2度にわたって映画化もされた士郎正宗の人気コミックを、新たに全13話でアニメーション化。そのストーリー後半をリミックスして製作した劇場版。巨大人工都市オリュンポスの治安を守るES.W.A.T.隊のデュナン・ナッツとブリアレオスの遭遇した事件を先導していたのは、かつての友人ディアだった。技術国家ポセイドンからの独立を宣言し、テロを敢行しようとしていたディアの目論見はすんでのところで阻止され、オリュンポスは平穏を取り戻したかのように見えた。しかし、デュナンとブリアレオスの前に再びディアが現れ……。